Nantes, ville connue pour sa riche histoire et sa culture vibrante, abrite également une impressionnante collection botanique qui mérite notre attention. Récemment, nous avons eu l’occasion d’analyser un ensemble de données qui reflète la diversité végétale de cette belle ville. De la distribution géographique des espèces à la richesse des familles botaniques, les résultats sont fascinants et offrent une nouvelle perspective sur la biodiversité urbaine.
Collection de plantes de la ville de Nantes
Cet inventaire de la collection végétale nantaise fait partie du système de données ouvertes de Nantes Métropole. Il a été publié le 6 décembre 2019 et est régulièrement mis à jour à ce jour. Le jeu de données complet fournit la famille, le genre, l’espèce, le cultivar, la localisation et la provenance.
Analyse exploratoire des données (EDA)
Extraction des données :
Après avoir importé nos bibliothèques Python dans le Notebook Jupyter : pandas, matplotlib et plotly. Nous nous connectons à l’API du jeu de données au format CSV et le convertissons en dataframe.
Collection végétale de la Ville de Nantes
En analysant le jeu de données avec Pandas, nous obtenons 12 colonnes et 3923 observations.
<class 'pandas.core.frame.DataFrame'>
RangeIndex: 3923 entries, 0 to 3922
Data columns (total 12 columns):
# Column Non-Null Count Dtype
--- ------ -------------- -----
0 Famille 3923 non-null object
1 Genre 3923 non-null object
2 Espèce 3651 non-null object
3 Cultivar 1157 non-null object
4 Origine 1443 non-null object
5 Année de plantation 1596 non-null float64
6 Nom du site 3923 non-null object
7 Localisation 1602 non-null object
8 Photo 1 2321 non-null object
9 Photo 2 1677 non-null object
10 Photo 3 1223 non-null object
11 Géolocalisation 3916 non-null object
dtypes: float64(1), object(11)
memory usage: 367.9+ KBNettoyage des données
Lors du nettoyage et du prétraitement des données, nous avons constaté que seules 3 variables n’ont pas de données nulles ou manquantes. Nous avons 7 variables qui ont des pourcentages « élevés » de données manquantes, et 2 variables avec un faible pourcentage de données nulles, ce qui nous amène à réévaluer leur utilisation pour décider si elles doivent être imputées ou éliminées.
Nous avons décidé de supprimer les 7 colonnes de variables qui avaient plus de 40% de données manquantes et de supprimer les observations avec des données nulles dans les colonnes ‘Espèce’ et ‘Géolocalisation’. Grâce à ces actions, le nouvel ensemble de données ne comptera plus que 5 variables et 3651 observations.
Index: 3651 entries, 2 to 3922
Data columns (total 5 columns):
# Column Non-Null Count Dtype
--- ------ -------------- -----
0 Famille 3651 non-null object
1 Genre 3651 non-null object
2 Espèce 3651 non-null object
3 Nom du site 3651 non-null object
4 Géolocalisation 3645 non-null object
dtypes: object(5)Une étape supplémentaire consiste à séparer les valeurs « Latitude » et « Longitude » qui composent la « Géolocalisation » en 2 nouvelles colonnes.
Analyse
Diversité végétale à Nantes
L’une des premières questions que nous nous sommes posées était : combien de familles, de genres et d’espèces différents y a-t-il dans la collection ? En analysant les données, nous avons découvert que Nantes abrite une étonnante variété de plantes, avec 161 familles, 741 genres et 1913 espèces différentes représentés dans la collection – une biodiversité qui témoigne de la richesse écologique de la ville !
Parmi ces espèces, certaines sont plus courantes que d’autres. Les espèces les plus communes comprennent des plantes que vous avez probablement vues dans des parcs et jardins locaux, comme le camellia japonica et le camellia sasanqua. Cependant, nous avons également identifié des espèces rares, celles qui n’apparaissent qu’une seule fois dans l’ensemble des données, ce qui suggère la présence de plantes uniques.
Nous avons constaté que la famille qui compte le plus grand nombre de genres et d’espèces est celle des Asteraceae, et que le genre qui compte le plus d’espèces est celui des Magnolia.
Répartition géographique et biodiversité
En ce qui concerne l’aspect géographique, nous nous sommes demandés : comment les différentes espèces se répartissent-elles géographiquement à Nantes ? A l’aide d’outils de géolocalisation, nous avons cartographié les espèces en fonction de leur latitude et de leur longitude. Les résultats ont montré que les sites présentant la plus grande biodiversité sont principalement répartis dans les grands espaces verts, tels que les parcs et les jardins botaniques. Par exemple, le Jardin des Plantes et l’Arboretum Cimetière Parc sont les premiers points chauds de la biodiversité, avec une forte concentration d’espèces.
En outre, nous avons examiné s’il existait une corrélation entre la situation géographique et la richesse des espèces. De manière surprenante, nous avons observé que les zones proches du centre-ville abritent également une diversité significative entre le Parc de Procé et le Jardin des Plantes, remettant en cause l’idée selon laquelle la biodiversité ne s’épanouit que dans les zones périphériques ou rurales.
Après avoir constaté que c’est au Jardin des Plantes qu’il y a le plus d’espèces à observer dans la ville de Nantes, nous avons filtré et compté la fréquence de chaque espèce pour obtenir le top 10.
La Folie des Plantes
La Folie des Plantes de Nantes, qui se tient le premier week-end de chaque mois de septembre (7-8 septembre 2024 – 37e édition : l’Arbre à l’honneur !), est non seulement une célébration vibrante de la diversité botanique, mais aussi un prolongement naturel de l’étonnant patrimoine végétal de la ville, comme l’a exploré notre récente analyse de la collection de plantes. Cet événement annuel, qui rassemble les amateurs de plantes, les experts en horticulture et les curieux, met en évidence la richesse écologique que nous avons identifiée dans nos recherches. En mettant l’accent sur les plantes rares et de collection, et avec la participation de plus de 170 exposants spécialisés, la Folie des Plantes reflète et amplifie la biodiversité des sites emblématiques de Nantes, tels que le Parc du Grand Blottereau.
Notre analyse montre que ces espaces abritent une variété impressionnante d’espèces et de familles botaniques, ce qui en fait de véritables trésors de biodiversité que la Folie des Plantes célèbre et promeut chaque année. Ce lien entre l’événement et la richesse végétale de Nantes souligne l’importance de préserver et d’apprécier notre patrimoine naturel, tout en nous donnant l’occasion de découvrir et d’acquérir des plantes uniques qui enrichissent nos jardins et nos communautés.
Invitation à approfondir la question
Ces résultats ne sont qu’une partie de ce que ce jeu de données peut révéler sur la biodiversité de Nantes. Si vous vous intéressez à la botanique, à l’écologie urbaine ou si vous souhaitez simplement en savoir plus sur la nature qui vous entoure, nous vous invitons à explorer davantage le jeu de données. Ici, vous pouvez plonger dans les détails de la distribution géographique, de la richesse des espèces et des dynamiques écologiques intéressantes de Nantes.
Ne manquez pas l’occasion d’en savoir plus sur la nature nantaise ! Consultez les différentes bases de données hébergées sur https://data.nantesmetropole.fr/ un portail de données ouvertes pour vos observations et vos questions. La biodiversité urbaine est un enjeu qui nous concerne tous, et c’est ensemble que nous pouvons apprendre et faire plus pour la protéger.
Ce billet est une invitation ouverte à tous les amoureux de la nature et aux curieux de science à explorer davantage la biodiversité de Nantes, et nous espérons que vous serez inspirés pour continuer à découvrir la beauté cachée dans chaque coin vert de la ville !
Cet exercice académique fait partie de mon parcours d'apprentissage continu dans les domaines de l'ingénierie des données, de la science des données et de la télédétection avec des données spatiales 🌳.
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